Steffen's Wissensblog

Feb. 11

Serin

Von Steffen unter Chemie

Übersicht über NMR-Daten [1] zum Serin:

	Atom	Atomtyp	Chemische Verschiebung [ppm]¹			Random Coil chem. Verschiebung ³	Random Coil chem. Verschiebung ⁴
	Atom	Atomtyp	Mittelwert	Standardabweichung	Datenbasis²	Random Coil chem. Verschiebung ³	Random Coil chem. Verschiebung ⁴
	H	H	8.279	0.615	50449	8.31	8.26
	Hα	H	4.483	0.497	39760	4.47	4.78
	Hβ2	H	3.868	0.279	36618	3.89	3.85
	Hβ3	H	3.841	0.296	33894	3.87	3.85
	Hγ	H	5.518	1.205	678
	C	C	174.601	3.204	32500	174.6	173.1
	Cα	C	58.716	2.219	45339	58.3	56.4
	Cβ	C	63.713	5.383	42264	63.8	63.3
	N	N	116.28	3.93	42792	115.7	116.6
Anteil in Proteinen	pK₂ COOH		pK₁COOH	isoelektrische Punkt		pK₁NH₂	pK₂NH₂
7.1%	–		2.21	5.68		9.15	–
CAS- Nummer	molare Masse		Summenformel	Dichte		Schmelzpunkt	Löslichkeit
56-45-1 (L-Serin) 312-84-5 (D-Serin) 302-84-1 (DL-Serin)	105,09 g·mol⁻¹		C₃H₇NO₃			215–225 °C	gut in Wasser (360 g·l⁻¹ bei 20 °C) unlöslich in Diethylether und Ethanol

¹ abhängig vom Atomtyp handelte es sich um die ¹H, ¹³C bzw. ¹⁵N chemische Verschiebung. ¹H und ¹³C relativ zu TMS und ¹⁵N relativ zu flüssigem Ammoniak

² Anzahl an individuellen Verschiebungsdaten zur Mittelwertbildung nach [2]

³ mit Alanin als Nachbarn in dem Hexapeptide Gly-Gly-X-Ala-Gly-Gly [3]

⁴ mit Prolin als Nachbarn in dem Hexapeptide Gly-Gly-X-Pro-Gly-Gly [3]

3D- Modell

Datenquellen:

[1] „BioMagResBank“, Eldon L. Ulrich; Hideo Akutsu; Jurgen F. Doreleijers; Yoko Harano; Yannis E. Ioannidis; Jundong Lin; Miron Livny; Steve Mading; Dimitri Maziuk; Zachary Miller; Eiichi Nakatani; Christopher F. Schulte; David E. Tolmie; R. Kent Wenger; Hongyang Yao; John L. Markley; Nucleic Acids Research 36, D402-D408 (2008) doi: 10.1093/nar/gkm957

[2] http://www.bmrb.wisc.edu/ zuletzt aufgerufen im März 2017

[3] David S. Wishart, Colin G. Bigam, Arne Holm, Robert S. Hodges, Brian D. Sykes; Journal of Biomolecular NMR
January 1995, Volume 5, Issue 1, pp 67-81 doi:10.1007/BF00227471

[4] Wikipedia http://de.wikipedia.org/wiki/Aminos%C3%A4uren (aufgerufen am 25. Januar 2014) und dortige Primärquellen

[5] Wikipedia http://de.wikipedia.org/wiki/Serin (aufgerufen am 10. Februar 2014) und dortige Primärquellen

3D Mol: Nicholas Rego and David Koes
3Dmol.js: molecular visualization with WebGL
Bioinformatics (2015) 31 (8): 1322-1324 doi:10.1093/bioinformatics/btu829

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Feb. 11

Methionin

Von Steffen unter Chemie

Übersicht über NMR-Daten [1] zum Methionin:

	Atom	Atomtyp	Chemische Verschiebung [ppm]¹			Random Coil chem. Verschiebung ³	Random Coil chem. Verschiebung ⁴
	Atom	Atomtyp	Mittelwert	Standardabweichung	Datenbasis²	Random Coil chem. Verschiebung ³	Random Coil chem. Verschiebung ⁴
	H	H	8.260	0.625	16373	8.28	8.25
	Hα	H	4.423	2.756	12988	4.48	4.82
	Hβ2	H	2.021	0.632	11698	2.11	2.04
	Hβ3	H	1.990	0.563	11022	2.01	1.97
	Hγ2	H	2.35	1.633	10823	2.60	2.63
	Hγ3	H	2.338	1.763	10200	2.54	2.56
	Hε	H	1.733	1.786	7978	2.10	2.12
	C	C	176.138	3.854	10752	176.3	174.6
	Cα	C	56.129	2.338	15138	55.4	53.3
	Cβ	C	32.988	2.508	14032	32.9	32.4
	Cγ	C	32.046	1.706	9038	32.0	32.0
	Cε	C	17.206	2.736	7031	16.9	17.0
	N	N	120.064	4.873	15555	119.6	120.7
Anteil in Proteinen	pK₂ COOH		pK₁COOH	isoelektrische Punkt		pK₁NH₂	pK₂NH₂
1.7%	–		2.28	5.74		9.21	–
CAS- Nummer	molare Masse		Summenformel	Dichte		Schmelzpunkt	Löslichkeit
63-68-3 (L-Enantiomer) 348-67-4 (D-Enantiomer) 59-51-8 {DL-Methionin [Synonym: (±)-Methionin)]}	149,21 g·mol⁻¹		C₅H₁₁NO₂S	1,34 g·cm⁻³		280–281 °C (Zersetzung)	mäßig in Wasser: 48 g·l⁻¹ (20 °C)

¹ abhängig vom Atomtyp handelte es sich um die ¹H, ¹³C bzw. ¹⁵N chemische Verschiebung. ¹H und ¹³C relativ zu TMS und ¹⁵N relativ zu flüssigem Ammoniak

² Anzahl an individuellen Verschiebungsdaten zur Mittelwertbildung nach [2]

³ mit Alanin als Nachbarn in dem Hexapeptide Gly-Gly-X-Ala-Gly-Gly [3]

⁴ mit Prolin als Nachbarn in dem Hexapeptide Gly-Gly-X-Pro-Gly-Gly [3]

3D- Modell

Datenquellen:

[2] http://www.bmrb.wisc.edu/ zuletzt aufgerufen im März 2017

[3] David S. Wishart, Colin G. Bigam, Arne Holm, Robert S. Hodges, Brian D. Sykes; Journal of Biomolecular NMR
January 1995, Volume 5, Issue 1, pp 67-81 doi:10.1007/BF00227471

[4] Wikipedia http://de.wikipedia.org/wiki/Aminos%C3%A4uren (aufgerufen am 25. Januar 2014) und dortige Primärquellen

[5] Wikipedia http://de.wikipedia.org/wiki/Methionin (aufgerufen am 10. Februar 2014) und dortige Primärquellen

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Feb. 11

Prolin

Von Steffen unter Chemie

Übersicht über NMR-Daten [1] zum Prolin:

	Atom	Atomtyp	Chemische Verschiebung [ppm]¹			Random Coil chem. Verschiebung ³	Random Coil chem. Verschiebung ⁴
	Atom	Atomtyp	Mittelwert	Standardabweichung	Datenbasis²	Random Coil chem. Verschiebung ³	Random Coil chem. Verschiebung ⁴
	Hα	H	4.389	0.89	25927	4.42	4.73
	Hβ2	H	2.068	0.374	24211	2.29	2.31
	Hβ3	H	1.994	0.387	23405	1.94	1.91
	Hγ2	H	1.917	0.346	21989	2.02	2.01
	Hγ3	H	1.891	0.36	20352	2.02	2.01
	Hδ2	H	3.632	0.463	22618	3.63	3.60
	Hδ3	H	3.595	0.485	21790	3.63	3.60
	C	C	176.671	3.653	19825	177.3	171.4
	Cα	C	63.353	2.908	28773	63.3	61.5
	Cβ	C	31.875	1.739	27061	32.1	30.9
	Cγ	C	27.239	1.766	19115	27.2	27.2
	Cδ	C	50.31	1.888	19240	49.8	49.7
	N	N	135.994	35.824	946	–	–
Anteil in Proteinen	pK₂ COOH		pK₁COOH	isoelektrische Punkt		pK₁NH₂	pK₂NH₂
4.6%	–		1.99	6.3		10.60	–
CAS- Nummer	molare Masse		Summenformel	Dichte		Schmelzpunkt	Löslichkeit
147-85-3 (L-Prolin) 344-25-2 (D-Prolin) 609-36-9 {Racemat [Synonyme: DL-Prolin und (RS)-Prolin]}	115,13 g·mol⁻¹		C₅H₉NO₂	1,35–1,38 g·cm⁻³ (25 °C)		Zersetzung: 220–222°C (D– und L-Form) 210°C (Racemat)	sehr gut in Wasser (1500 g·l⁻¹bei 20 °C)

¹ abhängig vom Atomtyp handelte es sich um die ¹H, ¹³C bzw. ¹⁵N chemische Verschiebung. ¹H und ¹³C relativ zu TMS und ¹⁵N relativ zu flüssigem Ammoniak

² Anzahl an individuellen Verschiebungsdaten zur Mittelwertbildung nach [2]

³ mit Alanin als Nachbarn in dem Hexapeptide Gly-Gly-X-Ala-Gly-Gly [3]

⁴ mit Prolin als Nachbarn in dem Hexapeptide Gly-Gly-X-Pro-Gly-Gly [3]

3D- Modell

Datenquellen:

[2] http://www.bmrb.wisc.edu/ zuletzt aufgerufen im März 2017

[3] David S. Wishart, Colin G. Bigam, Arne Holm, Robert S. Hodges, Brian D. Sykes; Journal of Biomolecular NMR
January 1995, Volume 5, Issue 1, pp 67-81 doi:10.1007/BF00227471

[4] Wikipedia http://de.wikipedia.org/wiki/Aminos%C3%A4uren (aufgerufen am 25. Januar 2014) und dortige Primärquellen

[5] Wikipedia http://de.wikipedia.org/wiki/Prolin (aufgerufen am 10. Februar 2014) und dortige Primärquellen

3D Mol: Nicholas Rego and David Koes
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Bioinformatics (2015) 31 (8): 1322-1324 doi:10.1093/bioinformatics/btu829

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Feb. 11

Phenylalanin

Von Steffen unter Chemie

Übersicht über NMR-Daten [1] zum Phenylalanin:

	Atom	Atomtyp	Chemische Verschiebung [ppm]¹			Random Coil chem. Verschiebung ³	Random Coil chem. Verschiebung ⁴
	Atom	Atomtyp	Mittelwert	Standardabweichung	Datenbasis²	Random Coil chem. Verschiebung ³	Random Coil chem. Verschiebung ⁴
	H	H	8.349	1.212	30015	8.30	8.13
	Hα	H	4.621	0.684	22810	4.62	4.90
	Hβ2	H	2.99	0.385	21407	3.14	3.14
	Hβ3	H	2.931	0.408	20858	3.04	2.97
	Hδ1	H	7.034	0.417	18211	7.28	7.29
	Hδ2	H	7.031	0.435	15323	7.28	7.29
	Hε1	H	7.054	0.48	16002	7.38	7.38
	Hε2	H	7.052	0.473	13675	7.38	7.38
	Hζ	H	6.992	0.768	11439	7.32	7.32
	C	C	175.439	3.422	18932	175.8	174.4
	Cα	C	58.109	2.653	26056	57.7	55.6
	Cβ	C	39.978	2.348	24594	39.6	39.1
	Cγ	C	137.226	12.244	286	138.9	138.9
	Cδ1	C	131.374	7.418	10505	131.9	132.1
	Cδ2	C	131.393	8.320	7641	131.9	132.1
	Cε1	C	130.467	4.353	9190	131.5	131.4
	Cε2	C	130.538	3.899	6691	131.5	131.4
	Cζ	C	129.041	3.754	7065	129.9	129.9
	N	N	120.382	4.868	28025	120.3	120.9
Anteil in Proteinen	pK₂ COOH		pK₁COOH	isoelektrische Punkt		pK₁NH₂	pK₂NH₂
3.5%	–		2.58	5.84		9.24	–
CAS- Nummer	molare Masse		Summenformel	Dichte		Schmelzpunkt	Löslichkeit
63-91-2 (L-Enantiomer) 673-06-3 (D-Enantiomer) 150-30-1 (DL-Racemat)	165,19 g·mol⁻¹		C₉H₁₁NO₂			275–283 °C (Zersetzung)	schlecht in Wasser (27 g·l⁻¹ bei 20 °C), Methanol und Ethanol

¹ abhängig vom Atomtyp handelte es sich um die ¹H, ¹³C bzw. ¹⁵N chemische Verschiebung. ¹H und ¹³C relativ zu TMS und ¹⁵N relativ zu flüssigem Ammoniak

² Anzahl an individuellen Verschiebungsdaten zur Mittelwertbildung nach [2]

³ mit Alanin als Nachbarn in dem Hexapeptide Gly-Gly-X-Ala-Gly-Gly [3]

⁴ mit Prolin als Nachbarn in dem Hexapeptide Gly-Gly-X-Pro-Gly-Gly [3]

3D- Modell

Datenquellen:

[2] http://www.bmrb.wisc.edu/ zuletzt aufgerufen im März 2017

[3] David S. Wishart, Colin G. Bigam, Arne Holm, Robert S. Hodges, Brian D. Sykes; Journal of Biomolecular NMR
January 1995, Volume 5, Issue 1, pp 67-81 doi:10.1007/BF00227471

[4] Wikipedia http://de.wikipedia.org/wiki/Aminos%C3%A4uren (aufgerufen am 25. Januar 2014) und dortige Primärquellen

[5] Wikipedia http://de.wikipedia.org/wiki/Phenylalanin (aufgerufen am 5. Februar 2014) und dortige Primärquellen

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Feb. 09

Lysin

Von Steffen unter Chemie

Übersicht über NMR-Daten [1] zum Lysin:

	Atom	Atomtyp	Chemische Verschiebung [ppm]¹			Random Coil chem. Verschiebung³	Random Coil chem. Verschiebung⁴
	Atom	Atomtyp	Mittelwert	σ⁵	Datenbasis²	Random Coil chem. Verschiebung³	Random Coil chem. Verschiebung⁴
	H	H	8.178	0.664	58906	8.29	8.18
	Hα	H	4.264	0.466	45467	4.32	4.60
	Hβ2	H	1.774	0.319	41062	1.84	1.80
	Hβ3	H	1.744	0.334	38519	1.75	1.74
	Hγ2	H	1.364	0.312	37233	1.44	1.45
	Hγ3	H	1.348	0.326	34123	1.44	1.45
	Hδ2	H	1.609	0.751	33176	1.68	1.69
	Hδ3	H	1.595	0.369	29506	1.68	1.69
	Hε2	H	2.910	0.217	32694	2.99	2.97
	Hε3	H	2.903	0.223	28496	2.99	2.97
	Hζ	H	7.313	1.147	1284	7.81	7.81
	C	C	176.591	6.358	36173	176.6	174.8
	Cα	C	56.935	2.272	50111	56.2	54.2
	Cβ	C	32.810	2.227	46864	33.1	32.6
	Cγ	C	24.918	1.615	31094	24.7	24.6
	Cδ	C	28.969	1.507	29403	29.0	29.1
	Cε	C	41.896	1.451	25495	41.9	41.9
	N	N	121.023	4.225	54081	120.4	121.6
	Nζ	N	48.135	30.664	208	125.9	125.9
Anteil in Proteinen	pK₂ COOH		pK₁COOH	isoelektrische Punkt		pK₁NH₂	pK₂NH₂
7.0%	–		2.20	9.59		8.90	10.28
CAS- Nummer	molare Masse		Summenformel	Dichte		Schmelzpunkt	Löslichkeit
56-87-1 (L-Enantiomer) 923-27-3 (D-Enantiomer) 70-54-2 (Racemat) 657-27-2 (Monohydrochlorid)	146,19 g·mol⁻¹		C₆H₁₄N₂O₂			224–225°C (Zersetzung) (freie Base,Enantiomer) 263–264°C (Monohydrochlorid) 260-263°C (DL-Lysin Monohydrochlorid) 193°C (L-Lysin Dihydrochlorid) 187-189°C (DL-Lysin Dihydrochlorid)

¹ abhängig vom Atomtyp handelte es sich um die ¹H, ¹³C bzw. ¹⁵N chemische Verschiebung. ¹H und ¹³C relativ zu TMS und ¹⁵N relativ zu flüssigem Ammoniak
² Anzahl an individuellen Verschiebungsdaten zur Mittelwertbildung nach [2]
³ mit Alanin als Nachbarn in dem Hexapeptide Gly-Gly-X-Ala-Gly-Gly [3]
⁴ mit Prolin als Nachbarn in dem Hexapeptide Gly-Gly-X-Pro-Gly-Gly [3]
⁵ Standardabweichung

3D- Modell

Datenquellen:

[2] http://www.bmrb.wisc.edu/ zuletzt aufgerufen im März 2017

[3] David S. Wishart, Colin G. Bigam, Arne Holm, Robert S. Hodges, Brian D. Sykes; Journal of Biomolecular NMR
January 1995, Volume 5, Issue 1, pp 67-81 doi:10.1007/BF00227471

[4] Wikipedia http://de.wikipedia.org/wiki/Aminos%C3%A4uren (aufgerufen am 25. Januar 2014) und dortige Primärquellen

[5] Wikipedia http://de.wikipedia.org/wiki/Lysin (aufgerufen am 25. Januar 2014) und dortige Primärquellen

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Bioinformatics (2015) 31 (8): 1322-1324 doi:10.1093/bioinformatics/btu829

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Feb. 09

Leucin

Von Steffen unter Chemie

Übersicht über NMR-Daten [1] zum Leucin:

Atom

Atomtyp

Chemische Verschiebung [ppm]¹

Random Coil
chem. Verschiebung ³

Random Coil
chem. Verschiebung ⁴

Mittelwert

σ⁵

Datenbasis²

8.225

0.795

69195

8.16

8.14

Hα

4.310

0.691

52733

4.34

4.63

Hβ2

1.607

0.366

48651

1.62

1.64

Hβ3

1.518

0.382

46600

1.62

1.64

Hγ

1.503

0.346

43475

1.59

1.57

Hδ1

0.747

0.345

48387

0.92

0.93

Hδ2

0.725

0.374

42840

0.87

0.93

176.977

3.650

44207

177.6

175.7

Cα

55.646

2.255

60917

55.1

53.1

Cβ

42.289

2.039

57258

42.4

41.7

Cγ

26.809

1.521

36918

26.9

27.1

Cδ1

24.704

2.028

40990

24.9

25.1

Cδ2

24.103

2.109

39113

23.3

122.003

8.978

64938

121.8

122.6

Anteil in Proteinen

pK₂ COOH

pK₁COOH

isoelektrische
Punkt

pK₁NH₂

pK₂NH₂

7.5%

–

2.4

5.98

9.6

CAS- Nummer

molare Masse

Summenformel

Dichte

Schmelzpunkt

Löslichkeit

61-90-5 (L-Enantiomer)
328-38-1 (D-Enantiomer)
328-39-2 (Racemat)

131,18 g·mol⁻¹

C₆H₁₃NO₂

1,29 g·cm⁻³

293–295 °C

schlecht in Wasser (24 g·l⁻¹ bei 20 °C)
unlöslich in Ethanol und Diethylether

3D- Modell

Datenquellen:

[2] http://www.bmrb.wisc.edu/ zuletzt aufgerufen im März 2017

[3] David S. Wishart, Colin G. Bigam, Arne Holm, Robert S. Hodges, Brian D. Sykes; Journal of Biomolecular NMR
January 1995, Volume 5, Issue 1, pp 67-81 doi:10.1007/BF00227471

[4] Wikipedia http://de.wikipedia.org/wiki/Aminos%C3%A4uren (aufgerufen am 25. Januar 2014) und dortige Primärquellen

[5] Wikipedia http://de.wikipedia.org/wiki/Leucin (aufgerufen am 25. Januar 2014) und dortige Primärquellen

3D Mol: Nicholas Rego and David Koes
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Übersicht über NMR-Daten [1] zum Serin:

3D- Modell

Übersicht über NMR-Daten [1] zum Methionin:

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