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Chemical Shift Index (Sekundärstruktur von Aminosäuren)

Die Bildung des chemical shift index ist eine Methode um die Sekundärstruktur von Proteinen aus den chemischen Verschiebungen von Backbone- Atomen zu ermittel. Grundlage sind dabei die in der folgenden Tabelle gelisteten chemischen Verschiebungen (+- 0,7ppm).

Folgende einfache Regeln kommen zur Anwendung:

  • 1 wird vergeben, wenn die gemessene chemische Verschiebung größer als der CSI- Wertebereich ist
  • -1 wird vergeben, wenn die gemessene chemische Verschiebung kleiner als der CSI- Wertebereich ist
  • 0 wird vergeben, wenn die gemessene chemische Verschiebung im Wertebereich liegt

Zur Ermittlung der Sekundärstruktur geht man nun wie folgt vor:

Die Alpha-Helix ist definiert, wenn vier oder mehr „-1“ HA und/oder „1“ CA/CO nacheinander gefunden werden.
Ein Beta-Strang ist definiert, wenn drei oder mehr „1“ HA und/oder „-1“ CA/CO nacheinander gefunden werden.
Alle anderen Bereiche werden als Coil bezeichnet.

HACACBCO
Ala            4.35   52.5   19.0   177.1    
Cys            4.65   58.8   28.6   174.8
Asp            4.76   54.1   40.8   177.2
Glu            4.29   56.7   29.7   176.1
Phe            4.66   57.9   39.3   175.8
Gly            3.97   45.0   -      173.6
His            4.63   55.8   32.0   175.1
Ile            3.95   62.6   37.5   176.8
Lys            4.36   56.7   32.3   176.5
Leu            4.17   55.7   41.9   177.1
Met            4.52   56.6   32.8   175.5
Asn            4.75   53.6   39.0   175.5
Pro            4.44   62.9   31.7   176.0
Gln            4.37   56.2   30.1   176.3
Arg            4.38   56.3   30.3   176.5
Ser            4.50   58.3   62.7   173.7
Thr            4.35   63.1   68.1   175.2
Val            3.95   63.0   31.7   177.1
Trp            4.70   57.8   28.3   175.8
Tyr            4.60   58.6   38.7   175.7
Quelle: http://triton.iqfr.csic.es/guide/eNMR/proteins/chemshift.html

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